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1.遗传物质:
新冠病毒遗传物质是RNA,所以提取RNA
2.RNA提取方法:
采用Trizol裂解法
3.实验流程:
Trizol裂解——氯仿抽提——异丙醇沉淀——乙醇洗涤——凉干——DEPC水溶解
4.实验步骤:
①采样:
从人体喉咙提取样本☜
②Trizol裂解:
往样本中加入Trizol(主要成分是苯酚)裂解蛋白质,释放出的RNA。
③氯仿抽提:
添加氯仿可以使蛋白质变形沉淀,同时氯仿是有机溶剂,苯酚易溶有机溶剂,而RNA易溶于水不溶于有机溶剂,用离心机离心,除去蛋白质沉淀,取上清液(上清液含有RNA)
④异丙醇沉淀:
吸取上层水相于新的EP离心管中荧光定量pcr技术查什么,加入等体积异丙醇,再放入离心机中,异丙醇能夺取RNA周围水分使RNA聚集发生沉淀,之后去掉上清液,得到RNA
⑤乙醇洗涤:
加入75%的乙醇溶液,RNA不溶于乙醇溶液,残留的异丙醇和杂质再可溶于乙醇,放入离心机沉淀RNA。
⑥凉干:
弃去上清液后,离心管至于室温中2到5分钟待,乙醇挥发干燥。
⑦DEPC水溶解:
DEPC为焦炭酸二乙酯,它能够破坏RNA酶活性,加入DEPC水溶解后可以的得到纯RNA溶液。
⑧RNA逆转录成cDNA:
首先加入核酸检测试剂盒中的逆转录酶,Oligo(dT)引物,dNTP,根据碱基A与T,G于C互补配对原则,Oligo(dT)引物与新冠病毒RNA3’端相结合,逆转录酶在此结合处开始沿着5’到3’端合成碱基互补配对的cDNA链。
⑩PCR扩增:
PCR荧光标记法(荧光探针标记)以cDNA某一高度保守基因序列区域为检测靶标,通过PCR法扩增,使这段靶标数量成指数级式递增,扩增的同时产生强度与靶标数量对应的荧光信号,通过检测荧光信号强度来确定样本中是否含有病毒核酸(即是否确诊为阳性)。
中国疾病预防中心推荐新型新冠病毒的检测靶标为核壳蛋白(N)基因区域,全长99个碱基对荧光定量pcr技术查什么,加入正相引物,反向引物,荧光探针,dNTP(DNA聚合酶)☜
PCR聚合酶链式反应包括高温变性,低温退火,中温延伸。
高温变性阶段:加热至94-98℃,保持20-30s使DNA链打开。
低温退火阶段:温度50-65℃,保持20-40s,此时引物和探针通过碱基互补配对与单链结合,探针的5’端存在一个荧光基团FAM,3’端存在一个猝灭集团TAMRA,当荧光基团和猝灭集团距离很近时(7-10nm),荧光基团发出的荧光会被猝灭基团吸收,所以探针完整存在时荧光基团并不会发出荧光。
中温延伸阶段:加入至75-80℃,保持120秒,聚合酶在此结合处开始沿着5’到3’端合成碱基互补链DNA链。由于DNA聚合酶具有核酸外切酶活性,遭遇到探针时将其从模板上切割下来,使荧光基团和猝灭基团分离,进而产生荧光信号,代表一个子链的产生,继续循环,高温变性,打开双链,低温退火,引物探针结合,中温延伸合成双链,PCR检测仪实时检查记录荧光信号值,
并绘制循环数——荧光信号值扩增曲线,横坐标代表循环数,纵坐标代表荧光强度,结果分析:以第3到第15个循环的荧光信号强度的标准差的十倍预定为荧光信号阈值,阈值线与扩增曲线的交点对应的横坐标表示表示ct值,没有ct至表示阴性,ct值为>40阴性,ct值<37阳性,37到40之间为可疑,建议重复采样检测。
生物工程
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